1981 年受农业部委托，中国农业科学院郑州果树研究所主持“全国西瓜育种协作组”工作。1982年起组织了 3 年全国西瓜品种联合试验，1983 年在杭州、1985 年在合肥、1991 年在乌鲁木齐组织召开了全国西瓜甜瓜育种会议。80 年代后期，将原有“全国西瓜育种协作组”细分为西瓜杂优利用育种协作、抗病育种协作、无籽西瓜育种协作和甜瓜育种协作 4 个专业组，90 年代中期又增加了西瓜甜瓜砧木育种协作组。此后，由中国农业科学院郑州果树研究所牵头组织的全国西瓜甜瓜科研协作，一直以全国协作组和各专业协作组的形式开展活动。除了全国性科研协作活动每 5 年左右举办一次大会外，只有无籽西瓜育种协作组坚持至今组织了 17次协作活动。

      西瓜抗病育种协作组先后由黄学森、古勤生等牵头在黑龙江齐齐哈尔（1991 年）、安徽合肥（1996年）、河南郑州（2007 年）、海南三亚（2008 年）等地举办了多次交流协作活动，商讨制订抗病鉴定标准、病原接种程序、交换菌种等工作，并邀请国外专家做了国际瓜类病虫害防治方面的专题报告。2018 年曾计划依托上海市农业科学院园艺所再次组织协作组活动，但因故未能落实。

      甜瓜育种协作组先后由马德伟、徐永阳等牵头在河北衡水（1995 年）、安徽合肥（1997 年）、新疆（1999 年、2007 年）、甘肃瓜州（2008 年）等组织了多次品种展评、交流协作活动。2007 年在新疆吐鲁番举办的协作组会议还组织与会专家给当地政府提出了发展精品哈密瓜的建议。上述活动在推动新品种新技术的示范应用方面起到了重要的作用。2009 年第 12 次全国科研与生产协作会议后，未继续单独组织协作组活动。

      无籽西瓜育种协作组先后由谭素英、刘文革等牵头在湖南邵阳、岳阳，湖北荆州、襄阳，广西南宁，江苏南京，海南三亚，安徽合肥、宿州，北京，天津等地每 2 年举办协作组活动。进行了多倍体育种交流和多批次的无籽西瓜品种异地联合试验，2007 年协作组会议还提出了今后小果型无籽西瓜的育种目标，向农业部主管部门提出了修订无籽西瓜国家种子标准的建议。最近一次活动是 2018 年在安徽宿州举办的无籽西瓜育种协作会议，无籽西瓜育种协作组是开展全国西瓜甜瓜科研与生产协作活动以来，各专业协作组中坚持时间最长、行业影响最大、科研与生产协作效果最好的专业协作组。

      西甜瓜砧木育种协作组由郑高飞等牵头在山西太谷（1996 年）、福建福州（1998 年）、海南三亚（2000 年）组织了多次协作活动，交流了工厂化嫁接育苗等技术，组织了现场观摩考察。2009 年第 12次全国科研与生产协作会议后，未继续单独组织协作组活动。

华东区协作组由浙江农业大学、上海市农业局、合肥市农科所（合肥丰乐种业公司）等牵头，80—90 年代结合长三角区域的新品种示范推广等开展活动，对‘早佳’（8424）西瓜良种推广效果显著。2000 年后未单独组织华东区协作组活动。

      中南（南方 8 省、区）区协作组由广东省农业科学院蔬菜研究所、湖南省瓜类研究所、广西农业科学院园艺所等牵头，80—90 年代结合无籽西瓜的新品种示范开展活动较多。2000 年在海南三亚、2002年在贵阳组织了南方协作会议，针对南方西瓜甜瓜生产特点，总结交流了有关生产技术经验。2002 年后未单独组织中南区协作组活动。

      西北区协作组由西北农大园艺学院、新疆自治区葡萄瓜果研究所、新疆农业科学院哈密瓜研究中心牵头，在新疆（1999 年、2007 年）、甘肃（武威 2000年、瓜州 2008 年）、陕西杨凌（2005 年）、宁夏中卫（2004 年；2006 年）组织了 10 多次西北协作组活动。不仅针对西北各省、区特点进行产业发展交流，而且邀请全国有关单位参加，在 2000 年、2004年、2005 年、2008 年还组织了有 60~80 个西瓜甜瓜品种参加的品种展评。2004 年专门组织有关专家为宁夏中卫压砂瓜产区的瓜农举办现场技术咨询。在 1995—2008 年期间协作活动频繁，对促进区域产业发展效果突出。2013 年西北区协作组根据中国园艺学会安排，在新疆鄯善组织甜瓜品种展评会议活动，后未继续单独组织西北区协作组活动。

      在全国西瓜甜瓜科技协作中，还有一个是海峡两岸的交流合作，在大陆老一代科学家王坚、吴明珠和台湾农友公司陈文郁、郁宗雄等推动下，从 20世纪 90 年代开始海峡两岸的交流日益密切，2010年 5 月，大陆 30 多位西瓜甜瓜科技工作者由中国园艺学会西甜瓜专业委员会组织、吴明珠院士带队到台湾开展为期 1 周的西瓜甜瓜育种交流考察，2013 年、2014 年在福建福州也举办了海峡两岸西瓜甜瓜科技交流研讨会议，进一步促进了海峡两岸科技人员的交流。